Ակադեմիայի կառավարումն իրականացվում է Հայաստանի Հանրապետության օրենսդրությանը և Ակադեմիայի կանոնադրությանը համապատասխան, ինքնակառավարման հիման վրա` միանձնյա ղեկավարման և կոլեգիալության սկզբունքների զուգակցմամբ:

ԷԲԱ-ի կառավարման մարմիններն են՝ խորհուրդը, ռեկտորը, գիտական խորհուրդը, ռեկտորատը:

Ակադեմիայի խորհուրդը կոլեգիալ կառավարման մարմին է, որը ստեղծվում է 5 տարի ժամկետով:

ԷԲԱ-ի խորհրդի հիմնական խնդիրներն են՝ ռեկտորի ընտրությունը, Ակադեմիայի զարգացման, ինչպես նաև միջազգային համագործակցության գլխավոր ուղղությունների որոշումը՝ ռեկտորի ներկայացմամբ: Խորհուրդը նաև քննարկում և հաստատում է Ակադեմիայի բյուջեն:

Խորհուրդն ընտրում է խորհրդի նախագահ` իր ընտրության ժամկետով:

Խորհրդի նախագահը վարում է խորհրդի հերթական նիստերը և հետևում` նիստերի միջև ընկած ժամանակահատվածում Խորհրդի որոշումներից բխող հանձնարարականների կատարմանը:

«Էրեբունի Բժշկական Ակադեմիա» հիմնադրամի հոգաբարձուների խորհրդի նախագահն է ԷԲԱ-ի հիմնադիր, Քույրական գործի կազմակերպիչների ասոցիացիայի նախագահ, ԲԳԴ Ա. Մ. Քուշկյանը:

Practice is an integral part of trainingEducational practice of students of Erebuni Medical Academy is carried out systematically with necessary full control.